Jonavos Justino Vareikio progimnazija savo veiklą grindžia Lietuvos Respublikos Konstitucija, Lietuvos Respublikos švietimo ir kitais įstatymais, Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimais, Švietimo ir mokslo ministerijos teisės aktais ir nuostatais.
Lietuvos Respublikos konstitucija
Lietuvos Respublikos Švietimo įstatymas
Valstybinė švietimo 2013–2022 metų strategija