Jonavos Justino Vareikio progimnazijoje daug dėmesio skiriama sveikatos ugdymui ir ligų prevencijai, sistemingai į šią veiklą įtraukiant visą mokyklos bendruomenę. Stengiamasi sukurti saugią, higienos reikalavimus atitinkančią mokyklą, kurioje vyrauja sveikatai palanki psichologinė aplinka, vykdomi užsiėmimai, formuojantys mokinių sveikatai palankios gyvensenos įgūdžius, akcentuojama sveikos mitybos, pakankamo fizinio aktyvumo bei tinkamo darbo – poilsio režimo svarba ir įtaka jų sveikatai bei savijautai. Didelę reikšmę mokykla skiria praktinėms veikloms, siekiant įtvirtinti teorines žinias bei burti bendruomenę sveikos gyvensenos klausimais. Neformaliojo ugdymo būrelių veikla skatina fizinį mokinių aktyvumą ir suteikia daug gerų emocijų, dalyvaujant varžybose.

2023 m. gruodžio 18 d. Nacionalinio sveikatą stiprinančių mokyklų tinklo ir aktyvių mokyklų veiklos koordinavimo komisija labai gerai įvertino progimnazijos sveikatos stiprinimo programą „Sveikatos kodas“ ir pratęsė mūsų mokyklai sveikatą stiprinančios mokyklos statuso galiojimo laiką.

Programos tikslassaugoti ir stiprinti progimnazijos bendruomenės narių sveikatą, ugdant vertybines nuostatas ir sveikos gyvensenos įgūdžius bei kuriant sveikatai palankią fizinę ir psichosocialinę aplinką.

Programą įgyvendina Jonavos Justino Vareikio progimnazijos bendruomenė: administracija, progimnazijos pedagogai, ugdymo procese dalyvaujantys specialistai, kiti darbuotojai, mokinių ir jų tėvų bendruomenė, vaiko gerovės komisija ir kiti pedagoginę pagalbą teikiantys specialistai, aptarnaujantis personalas, socialiniai partneriai, sveikatos priežiūros ir sveikatinimo institucijos.

Programos „Sveikatos kodas“ progimnazijoje – direktorės pavaduotoja ugdymui Jurgita Skamaročienė.